| 序號 | 計畫類別 | 原主辦單位 | 施政項目 | 計劃名稱 | 統籌計劃主持人 |
| 1 | 單一 | 企劃資訊組 | 一、(六)2.農業推廣體系之研究 | 水產養殖技術推廣多媒體研發 | 謝日豐 |
| 2 | 統籌 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 台灣重要養殖魚蝦貝及餌料生物遺傳資源之分析與評估 | ||
| 2-1 | 細部 | 生物技術組 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 台灣重要養殖魚蝦貝及餌料生物遺傳資源之分析與評估-利用18SrDNA進行海水綠球藻鑑種分析 | 蘇惠美 |
| 2-2 | 細部 | 生物技術組 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 台灣重要養殖魚蝦貝及餌料生物遺傳資源之分析與評估--利用粒線體DNA片斷序列進行泰國蝦遺傳基因分析 | 鄭金華 |
| 2-3 | 細部 | 淡水繁養殖研究中心 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 何氏棘鲃微衛星DNA專一性特定序列位點(STS)之建立 | 劉富光 |
| 2-4 | 細部 | 海洋漁業組 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 台灣重要經濟水產生物粒腺體DNA核苷酸序列資料庫之建立 | 簡春潭 |
| 2-5 | 細部 | 水產養殖組 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 九孔外部形質與其成長、活存關係調查研究 | 林明男 |
| 2-6 | 細部 | 水產養殖組 | 四、(一)1.農業生物遺傳資源之研究 | 吳郭魚分子育種 | 林明男 |
| 3 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 四、(一)7.水產養殖關鍵生物技術之研究 | 水生物隔離田計畫 | 丁雲源 |
| 4 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 四、(一)7.水產養殖關鍵生物技術之研究 | 基因轉殖於水產養殖之應用研究 | 丁雲源 |
| 5 | 單一 | 水產養殖組 | 四、(一)7.水產養殖關鍵生物技術之研究 | 抗緊迫九孔種苗之研發 | 林明男 |
| 6 | 單一 | 生物技術組 | 四、(一)7.水產養殖上之應用研究 | 益生菌在水產養殖之應用及其抗病活性機制研究 | 鄭新鴻 |
| 7 | 單一 | 水產加工組 | 開發保健食品一保健水產品之開發 | 水產機能性成分利用之探討 | 吳純衡 |
| 8 | 單一 | 水產加工組 | 開發國產大宗農漁畜產品多元化加工技術 | 研發大宗漁產品及加工技術及產品層次一烏魚肉調理製品之研發 | 王文政 |
| 9 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 六、(一)4.推動養殖漁業生產及管理自動化 | 人工溼地自動化養蝦系統的建立 | 林明男 |
| 10 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 六、(一)4.推動養殖漁業生產及管理自動化 | 貝類育肥及衛生處理自動化系統之研發 | 丁雲源 |
| 11 | 單一 | 企劃資訊組 | 七、(一)3.(4)網際網路在漁業上的相關應用研究 | 水產技術網路與資料庫之應用與發展 | 陳世欽 |
| 12 | 統籌 | 海洋漁業組 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 高度洄游性魚類資源調查、評估研究 | |
| 12-1 | 細部 | 海洋漁業組 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 鮪類資源調查與評估 | 廖學耕 |
| 12-2 | 細部 | 東部海洋生物研究中心 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 鬼頭刀資源量之調查與評估 | 陳文義 |
| 12-3 | 細部 | 海水繁養殖研究中心 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 高度洄游性魚類資源調查、評估研究-雲嘉地區沿岸海域斑節蝦資源保育之研究 | 丁雲源 |
| 13 | 統籌 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣周邊海域拖網漁業資源之調查與研究 | ||
| 13-1 | 細部 | 海洋漁業組 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣北部海域中小型拖網漁業資源調查研究 | 秦韶生 |
| 13-2 | 細部 | 沿近海資源研究中心 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣西南海域拖網漁業之管理研究 | 林俊辰 |
| 14 | 統籌 | 九、(一)1.1沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣周邊海域正櫻蝦漁業資源之調查與研究 | ||
| 14-1 | 細部 | 海洋漁業組 | 九、(一)1.1沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣東部深海未利用資源之漁場開發及試驗研究 | 李定安 |
| 14-2 | 細部 | 沿近海資源研究中心 | 九、(一)1.1沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣西南海域正櫻蝦生態漁業管理之研究 | 陳守仁 |
| 15 | 統籌 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣周邊海域心漁場造成之研究 | ||
| 15-1 | 細部 | 沿近海資源研究中心 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣東部人工浮魚礁之規劃與設置 | 吳龍靜 |
| 15-2 | 細部 | 沿近海資源研究中心 | 九、(一)1.(1)沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣周邊海域新漁場造成之研究 | 吳龍靜 |
| 16 | 統籌 | 九、(一)1沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣周邊海域漁場監測 | ||
| 16-1 | 細部 | 主任秘書室 | 九、(一)1沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣周邊海域漁場環境監測 | 劉燈城 |
| 16-2 | 細部 | 海洋漁業組 | 九、(一)1沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 台灣東北海域浮游橈足類的季節性變動及其長期監測 | 李長縈 |
| 17 | 單一 | 海洋漁業組 | 沿近海漁業資源調查、評估、培育、管理及開發研究 | 試驗船維護運用計畫 | 陳慶聲 |
| 18 | 單一 | 企劃資訊組 | 九、(一)3.(1)應用遥測技術於漁業自然資源及國土經營管理 | 衛星遥測於漁海況整合分析及速預報之研究 | 曾振德 |
| 19 | 單一 | 淡水繁養殖研究中心 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 淡水魚類種魚培育及育苗技術研發 | 劉富光 |
| 20 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 海水魚類育種及優質種苗生產技術研究 | 丁雲源 |
| 21 | 單一 | 生物技術組 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 海鱺育種及優質種苗生產技術研究-海鱺的育種-第一子代的種魚培育繁、殖及選拔 | 張賜玲 |
| 22 | 統籌 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 海水觀賞生物之繁養殖試驗 | ||
| 22-1 | 細部 | 澎湖海洋生物研究中心 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 海水觀賞生物之繁、養殖試驗 | 蔡萬生 |
| 22-2 | 細部 | 澎湖海洋生物研究中心 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 章魚、銀塔鐘螺繁養殖及放流試驗 | 林金榮 |
| 22-3 | 細部 | 東部海洋生物研究中心 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 礁岩性觀賞魚類繁養殖開發 | 陳文義 |
| 23 | 單一 | 生物技術組 | 九、(二)1.建立水產生物優良種苗繁殖技術 | 餌料生物保種及量產技術研究-高DHA餌藻量產技術之研發 | 蘇惠美 |
| 24 | 單一 | 淡水繁養殖研究中心 | 九、(二)2.提升漁業生產技術效率暨用水效率之研究 | 甲殼素及多醣體增進吳郭魚免疫能力之研究 | 劉富光 |
| 25 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 九、(二)2.提升漁業生產技術效率暨用水效率之研究 | 高品質水產飼料研發 | 林明男 |
| 26 | 單一 | 海水繁養殖研究中心 | 九、(二)2.提升漁業生產技術效率暨用水效率之研究 | 養殖環境及養殖系統建立 | 丁雲源 |
| 27 | 單一 | 水產養殖組 | 提升養殖漁業生產技術用水效率之研究 | 底棲生物相與養殖池環境及養殖成效關係研究 | 徐崇仁 |
| 28 | 統籌 | 九、(二)2.提升漁業生產技術效率暨用水效率之研究 | 漁業經濟分析 | ||
| 28-1 | 細部 | 水產養殖組 | 九、(二)2.提升漁業生產技術效率暨用水效率之研究 | 漁業經濟分析--我國養殖水產品種苗安全認證體系之建立 | 林明男 |
| 28-2 | 細部 | 海水繁養殖研究中心 | 九、(二)2.提升漁業生產技術效率暨用水效率之研究 | 漁業經濟分析-海鱺箱網殖產業經營調查 | 丁雲源 |
| 29 | 單一 | 生物技術組 | 九、(二)3.發展海面箱網養殖管理技術 | 鮪類箱網養殖及資源培育技術之研發-漁業與養殖業之整合 | 陳紫瑛 |